Wenn in Thunderbird die Ordnerstruktur nicht dem entspricht, was man erwartet, weil z.B. gerade Ordner gelöscht oder hinzugefügt wurden, dann gibt es einen einfachen Trick:
In der Baumstruktur die Ordner einfach mal schliessen und wieder expandieren, dann wird die Ordnerstruktur korrekt dargestellt.
Gefunden hier: (http://superuser.com/questions/392320/how-can-i-force-thunderbird-to-reload-imap-folder-structure)
Manno das ist jetzt echt nicht wahr :-(